Некоторое время после разорения Никольская обитель ещё существовала, о чем есть упоминания в "Повести..." Николо-Пенской (Фёдоровской) церкви. Окончательно монастырь упразднили в 1660-х годах, точная дата неизвестна.
В 1650-х годах в обители жил блаженный юродивый Илья, народная молва сохранила о нем такой рассказ: "Днем он бегал по Ярославлю едва не нагой и переносил самые жестокие морозы, а на ночь уходил в клеть Николо-Сковородского
монастыря, в которой, после краткого отдыха, проводил время в молитве. Много ему доставалось вытерпеть побоев, насмешек, брани от людей, не понимавших ни себя, ни его, но он все переносил благодушно. Знакомства не было у него ни с
кем, кроме некоего благочестивого мужа, по прозванию Баженова, да Сергия, инока Никольского монастыря; их иногда посещал блаженный. Со скорбью смотрел Илья на грехи людские. Любя людей, он плакал за них и слезами своими призывал их к
покаяанию. Так, в 1658 году июня 9-го, говорит предание, Илья приде к церкви Рождества Спаса нашего Христа, иже на Волге, ста пред папертью церкви поя и умильно зря на образ Господа Вседержителя, умно молитву пред ним творя и плакате
неутешно. Кончивши же молитву, громко возопи: "Жарко! Жарко!" Людие же, видяще и слышаще сия, дивляхуса. В следующий день в Ярославле был сильный пожар, начавшийся со стороны Волги, вблизи сего храма. В пожар этот город почти весь
выгорел".
Первые упоминания о деревянном Никольском храме относятся к 1627 году и содержатся в исторических актах Спасского монастыря: "село Меленки на реке Которосли на Глинищах, и в селе церковь во имя Николы Чудотворца, древяна,
а в церкви образы и книги и все церковное строение мирское".
Более точные сведения о деревянных храмах сообщает грамота царя Алексея Михайловича 1647 года о приписке слобод Спасского монастыря к посаду: "Мельничной слободы приходская церковь, храм древяной, верх холодный, на реке
Которосли на берегу во имя Святителя Николая Чудотворца, в том же храме престол во имя святого Прокопия Устюжского да храм тёплый Успения Пресвятой Богородицы".
Интерьер Николо-Мельницкой церкви
Начало ХХ века и 2012 год