Каменная Никольская церковь была заложена в 1668 году по данной на её строительство грамоте: "Благословение Божие Ионы, митрополита Ростовского и Ярославского, в Ярославль, поволгской, Мельницкой слободы Никольским попам
Елеазару да Филиппу. Били вы нам челом да приходские люди: Мартьян Тимофеев (Дурандин), Григорий Макаров сын Гурьев, Абрам сын Сенельский, Федор Юрьев сын Жихарев и все приходские люди, чтоб нам вас пожаловати благословить новую
каменную церковь великого чудотворца Николы, что на глинищах, да в тое же церкве приделати придел святого праведного Прокопия, устюжского чудотворца, - и о том дать нашу благословенную грамоту и на освящение святые антиминсы. И как
сия наша грамота придет, и вы б по нашему благословению и нашей грамоте велели на тое церковь камень и кирпич, известь и всякие мелкие запасы готовить... Писана в Ростове, в лето 7176 [1668] февруария в 9 день".
Средства на постройку каменного храма дал ярославский купец Мартиниан Дурандин, но ему было не суждено увидеть завершение сооружения храма: 10 декабря 1668 года он скончался, приняв перед смертью схиму с именем Макарий.