Указом императрицы Екатерины II от 31 марта 1764 года Афанасьевская обитель была причислена к заштатным: "ни в каком
классе не состоит, но имеется... в числе оставленных на своё содержание монастырей". 12 декабря 1857 года император Александр
Николаевич утвердил определение Святейшего Синода о возведении Афанасьевского монастыря в степень третьеклассной обители,
с этого времени её настоятели имели сан архимандритов. С 1895 года монастырь стал резиденцией викарного епископа Ярославской епархии.
Каждый год 2 мая в день памяти Афанасия Александрийского из ярославского кафедрального Успенского собора в монастырь
совершался крестный ход.
"Ярославские епархиальные ведомости" в 1903 году, в небольшой заметке писали, что "входит постепенно в обычай
встречать Новый год по-новому: не за пирогом и столом, не с бокалом в руках, а в храме, за молитвою и поучением... Народ
уже знает, что в 12-м часу ночи на Новый год отпираются почти все храмы Ярославля и поётся молебен на освящение нового лета.
О молебствии возвещается даже и праздничным звоном... В половине 12-го ночи храм Афанасьевского монастыря был уже переполнен
народом так, что и войти в него было весьма затруднительно. Дай Бог, чтобы укреплялся этот обычай и был для нас плодоносен".
Во время событий июля 1918 года в обители частью пострадали две церкви, сгорел один жилой корпус. В послереволюционные
годы при Афанасьевском монастыре была зарегистрирована приходская община, последний раз она упоминается в 1923 году, в феврале
1925 монастырь закрыли, часть "ветхого культового имущества" передали в церковь Спаса на Городу и ряд других храмов.
В 1930-х годах власти разобрали колокольню, в церкви Афанасия и Кирилла и части других строений монастыря разместились
производственные мастерские и организации, в братском корпусе поселились люди.
В ноябре 2007 года храм и ограда с башнями Святых ворот были переданы Русской Православной Церкви.
Интерьер церкви Афанасия и Кирилла
05.09.2012 года