В первые годы своего существования Афанасьевский монастырь получил привилегии и владения по грамотам царя Михаила Фёдоровича. В первой из них, от 1619 года, значилось: "в тот Афанасьевский монастырь нашего жалованья,
руги денежной и хлебной, нет, и на свечи и на ладан и на вино церковное не идет ничего же, и для того дано им под мельницу место на Ярославской и Романовской стороне. А что они лесу и дров повезут по Волге и по Мологе и по Шексне
на монастырский обиход, и с того лесу мыту и пошлин имати не велено". Обитель была наделена и другими льготами: с монастырских вотчин "никаких податей и денежных всяких поборов и казачьих хлебных запасов и кормов с сошными людьми
не давати, опричь ямских денег и стрелецких хлебных запасов и городового и острожного дела", монастырские крестьяне освобождались также от суда "опричь душегубства и разбоя и татьбы с поличным", право суда оставалось только за
государем и за игуменом "с братьею". Кроме того, монастырь освобождался от постоя князей, бояр, воевод и ратных людей, а если кто на пир или братчину "придет пить незван, и они того незваного сошлют с двора беспенно, а не послушает
и не пойдет вон и учнет у них пити силно, а учинится у них в том пиру какая гибель, и тому незваному за гибель платить вдвое без суда и без правды".
По второй грамоте, от 7 мая 1623 года, обители пожаловали владения под Ярославлем, в закоторосльной стороне: деревни Иваново, Ковшово, Дикуши с 227 душами крестьян, а также рыбные ловли на озерке Ущемер и "пустыньку", где
велено было устроить церковь Параскевы Пятницы и "пение уставити".
В 1627 году царю Михаилу Фёдоровичу была отправлена челобитная старца Варфоломея - строителя Афанасьевской обители - о том, что из монастырских людей двоих насильно взяли в целовальники "на кабаки".
Служба таможенных целовальников не оплачивалась и по сути являлась обременительной повинностью. В ответ на челобитную пришла царская грамота, по которой впредь монастырских людей "в целовальники имать не велели".