Через полвека после сооружения Богоявленского храма в нём потребовалось произвести серьёзный ремонт. Священник
Симеон и церковный староста Калинин обратились в 1743 году за разрешением на работы к митрополиту Арсению: "при означенной
церкви Богоявления имеется каменная колокольня весьма ветхая, с которой за ветхостью колокола сняты и перенесены на
новопостроенную при той же церкви над папертью деревянную колокольню, а верх с той каменной колокольни до своду сломан и
весьма пошаталась и опасно, чтоб она без разобрания не упала, да на той Богоявленской церкви главы и крышка деревянные в
прошлом 1737 году в пожарное время сгорели; ныне на той церкви глав не имеется, а крышка имеется дранишная, и та обветшала ж".
По распоряжению митрополита все необходимые работы на храме были выполнены. Тесовая кровля и деревянные главы
вновь восстанавливались после пожара 1753 года. Судя по церковным документам, к 1787 году были перекрыты железом храм и
центральная глава, а через три года по ходатайству священника Александра Петрова и церковного старосты Шапошникова - боковые
главы с изменением их первоначальной луковичной формы на барочную.
В начале XIX века велись работы по обустройству придела Димитрия Прилуцкого: в 1806 году в него поставили новый
иконостас, выполненный резчиком Фёдором Бухвостовым; в 1808 - придел был расписан ярославским иконописцем Семеном Степановым Завязошниковым.
В 1829 году мастер Елисей Степанов Годунов проводил поновление икон иконостаса Богоявленской церкви. В
1830-1840-х годах южный и северный приделы храма подверглись переделкам, а в 1886 - вся церковь "по внутреннему и наружному
виду своему возобновлена и украшена" на средства ярославского купца Василия Яковлевича Кузнецова. Через десять лет
стараниями церковного старосты Михаила Евграфовича Вахрамеева производилось поновление "закоптевшей до неузнаваемости
живописи на потолке" придела в воспоминание Страшного суда.

Фрески южной стены Богоявленского храма. 1916 год.
Фрески Богоявленского храма. 2012 год.