Богоявленский храм был освящён 2 июля 1693 года в честь праздника Богоявления; его южный придел, служивший тёплой церковью,
освятили еще в ходе строительства, о чём сообщала не сохранившаяся до настоящего времени надпись на деревянном резном
кресте из Богоявленского храма: "Освятися олтарь Господа Бога и Спаса нашего Иисуса Христа и водружен бысть крест сей в
церкви преподобного и богоносного отца нашего Димитрия иже на Прилуке вологодского чудотворца в лето 7194 [1686] месяца
генваря в 24 день при благоверном царе и великом князе Иоанне Алексеевиче и великом князе Петре Алексеевиче всея великия и
Малыя и Белыя России самодержцах". Северный придел - в воспоминание Страшного суда Христова был освящен в 1697 году.
Стенописи центрального объёма церкви Богоявления исполнила в 1692-1693 годах артель ярославских мастеров,
которую предположительно возглавляли Дмитрий Григорьев Плеханов и Фёдор Игнатьев. В 1860-е годы была поновлена живопись в
алтаре, в 1950-е годы красочный слой во всем храме был укреплён и промыт В. Брюсовой и А. Рогозиным.
До настоящего времени сохранился прекрасной работы резной запрестольный крест из церкви Богоявления, которому
несколько строк посвятил Н. Г. Первухин в своей книге о художественных достоинствах храма: "величие Божьего престола
подчеркнуто огромным оригинальным крестом. По своим размерам этот unicum ярославских церквей никогда не мог быть выносным.
Обыкновенные запрестольные крест и образ Божией Матери, тоже не моложе церкви, стоят у горнего места и доныне сопровождают
крестные ходы. Несомненно поэтому, что этот диковинный крест имеет только художественное и символическое значение".

В алтаре Богоявленского храма. 1916 год.
Слева - запрестольный крест