12 (25) января 1865 года в Ярославле был открыт Музей при Обществе для естественно-исторического исследования Ярославской губернии, основателем которого стал профессор естественной истории Андрей Станиславович Петровский.
В 1901 году Общество было переименовано в естественно-историческое, вслед за чем в музее формируется обширная энтомологическая коллекция. В начале XX века естественно-исторический музей считался одним из крупнейших провинциальных
музеев России.
В 1895 году при Ярославской губернской учёной архивной комиссии было создано Древлехранилище — исторический музей, для изучения и охраны всего культурно-исторического наследия Ярославского края. Коллекция музея,
насчитывающая в 1895 году 100 экспонатов, в 1914 году увеличилась до 12 тысяч предметов.
В 1924 году произошло слияние музеев города в единый Ярославский государственный областной музей. В его состав вошли историко-археологический музей (бывшее Древлехранилище), музей древнерусского искусства — художественная
галерея (открыта 5 декабря 1919 года), научная библиотека, и естественно-исторический музей. В 1928 году музей стал подчиняться Губернскому музейному управлению. В 1929 году он стал называться окружным, а в 1937 году — областным
краеведческим музеем.
В 1959 году по Постановлению Совета Министров РСФСР на базе Ярославского областного и Ростовского краеведческого музеев, областного художественного музея, музея-усадьбы Н. А. Некрасова в Карабихе был организован
Ярославо-Ростовский историко-архитектурный и художественный музей-заповедник, разместившийся на территории бывшего Спасского монастыря. Кроме монастыря в состав заповедника вошли архитектурные памятники — храмы Ильи Пророка,
Иоанна Предтечи, Николы Надеина, Иоанна Златоуста, позднее Рождества Христова и Богоявления.
С 1971 года, после обратного выделения в самостоятельные музеи Ростовского филиала и художественного отдела, музей стал именоваться Ярославским историко-архитектурным музеем-заповедником.
Древлехранилище ЯГУАК. Экспозиция церковных древностей. Начало ХХ века.