В 1787 году по указу Екатерины II Спасо-Преображенский монастырь был преобразован в Архиерейский дом. Это было связано с
образованием Ярославской губернии и переводом сюда центра Епархии из Ростова. Период пребывания здесь церковной власти
губернии ознаменован обретением в 1823 году новой святыни - чудотворного образа Печерской Богоматери, который вместе с
древней святыней - Чудотворными мощами Фёдора, Давида и Константина привлекал в Спасо-Преображенский монастырь
огромное количество паломников. Преобразование Спасо-Преображенского монастыря в Архиерейский дом повлекло за
собой многочисленные переделки монастырских зданий. Древние памятники расширяли, надстраивали, пристраивали
к ним новые объемы, приспосабливая их для новых нужд. Архиерейский дом прекращает своё существование в
1918 году, после подавления белогвардейского мятежа.