С учреждением штатов по церковной реформе, проводившейся Екатериной II в 1760-х годах, Спасо-Преображенский монастырь был возведен в первый класс, Казанский - в третий, Афанасьевский причислен к разряду заштатных.
В стране одновременно с реформированием управления была проведена секуляризация монастырских и церковных владений. Часть обителей взамен изъятых в пользу государства вотчин стала получать денежное содержание в зависимости от класса,
другие оказались за штатом, т. е. без государственной поддержки, и средства на обеспечение жизни монастыря должны были добывать сами. Более того, около половины монастырей в стране было закрыто. Именно тогда Спасо-Преображенский
монастырь лишился многих земель с сёлами и деревнями, а в 1788 году был упразднён и обращён в Архиерейский дом.