Предание говорит, что на месте церкви Николы в Рубленом городе была построена деревянная церковь во имя
святителя Николая еще самим основателем Ярославля князем Ярославом Мудрым. Первое документальное упоминание о церкви находим в Переписной книге
Городовой сотни 1646 года. Близ неё, на Воеводском спуске, стояла Никольская проезжая башня.
В Ярославле немало храмов имели одинаковое посвящение престолов (в честь Святителя Николая было устроено более
десяти престолов, из них шесть - главных), поэтому для уточнения, о какой из церквей идёт речь,
в их названиях закреплялось указание на местонахождение в городе.
Культ Николая Чудотворца получил широкое распространение на Руси с принятием христианства, не случайно Николу называли "народным Богом".
К святителю обращались как к скорому помощнику во всякой беде, спасителю во время бедствий на воде, защитнику путешествующих,
поэтому-то Николай Чудотворец почитался и как покровитель купечества.