Церковь находится на высоком берегу Медведицкого оврага в юго-западной части древнего городского кремля - "Рубленого города", что нашло отражение в ее названии. Каменная церковь Николы Рубленый Город выстроенная в 1695 году
единственная сохранившаяся церковь Ярославского кремля 17 века. Она строилась на средства судостроителей, чьи верфи располагались здесь же, под обрывом.