Командующий красных войск Юлий Гузарский после прибытия в Ярославль утром 14 июля оценил обстановку и начал собирать силы для наступления. Для этого срочно требовалась координация действий с отрядами другого
командующего Анатолия Геккера, который воевал на левом берегу Волги. Штурм захваченного Ярославля был назначен на 16 июля. Предварительно Юлий Гузарский решил начать массированый обстрел города из 10 батарей, с самолётов и из 12
орудий двух бронепоездов.
Летом 1918 года в дни белогвардейского мятежа монастырским зданиям был нанесён огромный урон, один из красивейших архитектурных ансамблей производил удручающее впечатление: "Совершенно разрушена и сгорела Крестовая церковь;
совершенно разрушены и сгорели торговые ряды, примыкавшие к западной и северной стороне монастыря: полуразрушены башни Богородская и Угличская; сильно пострадали церкви: Печерская, Князей, Спасо-Преображенский собор, а также звонница;
совершенно разрушены и сгорели два жилых корпуса, в том числе митрополичьи палаты, пробиты снарядами и частично разрушены южная и западная стороны монастыря. В Крестовой церкви и в жилых корпусах в огне погибла масса имущества".
Реставрационные работы на территории Спасо-Преображенского монастыря начались с 1920-х годов. Тогда были
ликвидированы последствия подавления белогвардейского мятежа и разобрана основная часть поздних
пристроек. Основная реставрация проводилась в 1950-1960-е годы и продолжается до сегодняшнего дня.