Каменная церковь во имя Николая Чудотворца построена в 1660 году на средства прихожан вместо деревянной, сгоревшей в 1658. Первоначально храм был одноэтажным, но "по низменности местоположения, в весеннее время
заливаемого Которослью и Волгой, оказалась надобность надстроить верхнюю церковь, что и исполнено в 1722 году".
Главный престол в верхнем этаже храма освятили во имя Николая Чудотворца. В нижнем этаже разместилась тёплая церковь Богоявления Господня с двумя приделами в алтарной части, первым был устроен придел в диаконнике во
имя иконы Фёдоровской Богоматери. Второй придел, Петра и Февронии Муромских, появился в 1829 году, "по случаю вклада в церковь частицы мощей помянутых святых, принесённой прихожанином гражданином Алек. Ив. Казанцевым".
Нижняя церковь в XVIII веке была украшена росписями "в золоченых клеймах". В 1819 году ярославец Елисей Степанов Годунов исполнил новый иконостас и иконы в тёплый храм.
Большие работы по переустройству Николо-Тропинского храма проводились на средства купца П. А. Ерыкалова, который был церковным старостой с 1869 до своей кончины в 1894 году. Оба нижних придела в 1882 году по прошению
прихожан указом духовной консистории "по тесноте и сырости" упразднили. В 1883 - храм расширили: на первом этаже пристроили паперть, на втором - алтарь и трапезу, тогда же была сооружена колокольня.
В 1931 году Николо-Тропинский храм был закрыт. В следующем году на просьбу администрации деревообрабатывающей фабрики имени 1 Мая о предоставлении церковного здания для их нужд городскими властями был дан
ответ: "Николо-Тропинская церковь находится в ведении комиссии по вопросам культов при президиуме горсовета и будет занята религиозной общиной, подлежащей выводу из центральной части города в связи со сносом ряда церковных зданий.
Президиум горсовета не может дать и в дальнейшем своего согласия на занятие закрываемых в городе церквей под клубы и общежития". Никакой религиозной общине храм не передали, в искаженном здании церкви располагается склад
рыбопродукции объединения "Ярославрыба".