Первоначально в церкви Петра и Павла при Кадетском корпусе имелся один престол - святых первоверховных апостолов Петра и Павла.
В 1864 году устроен придел Николая Чудотворца, а в 1866 - второй, во имя Александра Невского. Оба придела были торжественно освящены архиепископом Нилом.
Церковь в то время была отдельным зданием. В 1880 году храм присоединили к другим корпусам военной прогимназии, он был капитально реконструирован,
а приделы упразднены.
Каменная, тёплая церковь в 1880 году была соединена со зданием корпуса; при церкви была колокольня с 7 колоколами. В клировой ведомости за
1901 год вновь значится второй престол — св. Захария и Елизаветы, устроенный в память Высочайшего утверждения праздника кадетского корпуса и освященный
5 сентября 1901 года архиепископом Ярославским и Ростовским Ионафаном.
В клировой ведомости за 1912 отмечен и третий престол - св. Алексия, митрополита Московского.
Иконостас церкви Петра и Павла при Кадетском корпусе