В декабре 1918 года Казанский монастырь был закрыт. Игуменья Феодотия с насельницами переехала в ещё действующий в то время Толгский монастырь. С лета 1920 по 1922 год в зданиях обители располагался один из городских
концентрационных лагерей.
Постройки монастыря использовались городскими властями "для культурных и иных нужд": в игуменском корпусе со Сретенской церковью помещались казарма войск ГПУ и Дом крестьянина, позднее - коммунальные квартиры,
конторы; в Покровском храме с 1930 года - городская центральная библиотека, с 1948 года - планетарий; в Казанском соборе - склад икон и церковной утвари из закрываемых храмов, а с 1927 года - Государственный архив Ярославской области.
Для его нужд собор был полностью переоборудован: в разделенном на этажи здании располагались и помещения для хранения документов, и рабочие комнаты сотрудников, и читальный зал для посетителей, и другие службы. Колокольня Казанского
монастыря, хотя первоначально в ней и предполагалось устроить обсерваторию, была снесена в 1920-х годах. Не стало и всех трёх часовен.
В 1997 году Казанский собор был открыт как приходской храм. Первые всенощная и Божественная литургия во вновь открытом храме состоялись 18-19 декабря 1997 года в дни празднования в честь Святителя и Чудотворца Николая.
Приходским Казанский собор оставался недолго. Уже 1 августа 1998 года по прошению прихожан, по ходатайству архиепископа Михея, по благословению Святейшего Патриарха Алексия в Ярославле спустя 80 лет был вновь открыт
Казанский монастырь.