В 1613 году сильное бедствие постигло ярославские земли - засуха настолько сильная, что "во всё лето не бысть дождя, ни же росы,
и от жару солнечного все древа аки опалены зряхуся, и ни же какого-либо овощия и плода земля произрастила". Только по совершении
8 июля крестного хода с иконой Спаса Нерукотворного и молебна Илье Пророку "в самое всенощное бдение дождь превелий ниспаде".
Новое чудо от церковной святыни произошло в 1614 году, когда "учинися пожар велик во граде Ярославле". Спасо-Пробоинский
храм, как многие другие деревянные церкви, сгорел, но чудотворный образ был найден на пепелище неповреждённым. Ещё дважды в XVII
веке "церковь древяна во имя Всемилостивого Спаса Нерукотворенного Образа" погибала в огне, в 1658 и 1670 годах, но каждый раз
отстраивалась вновь, и "в сих такожде пожарах сия святая пречудная Всемилостивого Спаса икона пребываше невредима".
В 1696 году прихожане, видя, "яко тщету велию претерпевают в лишении храма сего от огненного возгорания", решили
построить каменную церковь и 5 июня обратились по инициативе земского старосты Ивана Мякушкина за благословением к
митрополиту Ростовскому Иоасафу. В ответной грамоте от 26 июня владыка распорядился "на новую церковь кирпич и известь и песок
и всякие припасы готовить и построить новую церковь Божию каменную на старом церковном месте, подався немного на восток".
По преданию, каменная Спасо-Пробоинская церковь была освящена в 1705 году митрополитом Димитрием Ростовским.
Главный престол храма был освящён во имя иконы Нерукотворного Спаса, придел в алтарной части - во имя апостола
Андрея Первозванного, тёплый придел в трапезе - во имя Павла Фивейского и Иоанна Кущника.