Основателями каменной Ильинской церкви были богатые ярославские купцы - братья Вонифатий и Иоанникий Скрипины, которые нажили капиталы на торговле пушниной. Никто в Ярославле середины XVII столетия не мог сравниться с
ними по размаху торговой деятельности на внутреннем и внешнем рынках России. Иоанникий Скрипин сообщал в одной из челобитных царю Михаилу Фёдоровичу, что даёт дани "свыше всяких ярославцев посадских людей". В самый разгар
строительства Ильинской церкви, т. е. в период с 1647 по 1650 год, он был пожалован в чин гостя.
Строили Скрипины каменную церковь три года, об этом сообщает храмозданная надпись на западной стене основного объёма храма: "Благоволением и благостью Отца Вседержителя и споспешеством Единородного Сына Его Господа Бога и
Спаса нашего Иисуса Христа и содействием Святого и Животворящего Духа начата создати сия церковь во имя Пресвятой Богородицы, честного Ее Покрова и Святого славного Пророка Ильи в лета 7155 (1647) месяца мая в 9 день, совершена же и
освящена в 7158 (1650) году, июня в 16 день при державе Государя Царя и Великого Князя Алексея Михайловича всея России".