Роспись церкви велась с 17 июня 1680 по 8 сентября 1681 года по заказу вдовы Вонифатия Скрипина Улиты Макарьевны. На протяжении 300 лет со времени создания, комплекс Ильинских росписей сравнительно мало поновлялся. В 1830 году живопись Покровского придела была переписана В. В. и М. В. Сарафанниковыми. Они же в 1857 году поновили свод северного крыльца. В 1896 году вокруг церкви по рисунку А. И. Павлинова сооружена ограда с 56 каменными столбами, между которыми укреплены звенья чугунной кованой решётки. В ширинках столбов вставлены изразцы. В 1898 - 1904 годах были проведены большие ремонтно-реставрационные работы на средства И. А. Вахромеева.
  Приход Ильинского храма в 1781 году включал 41 двор, где проживало 211 прихожан. Следствием устройства центральной площади вокруг церкви Ильи Пророка явилось резкое сокращение числа её прихожан. Чтобы спасти храм от закрытия, к нему с 1834 по 1890 годы был приписан батальон внутреннего гарнизона в количестве 205 человек и инвалидная команда - 172 человека. В 1906 году при церкви числилось 16 дворов, где проживало всего 29 мужчин и 23 женщины.