Капитальный ремонт храма, носивший "характер реставрации", был осуществлён в 1916 году на средства ярославского
купца Павла Ивановича Сидорова. Многочисленные живописные работы (чистка иконостаса и икон, восстановление орнаментов на
откосах окон и нижних ярусах, поновление стенописей в утраченных местах) исполнял "с большой осторожностью и очень
умело" ярославский иконописец Александр Великанов.
К чтимым святыням храма относились деревянный, обложенный серебром, напрестольный крест 1709 года с частью Древа
Креста Господня и частицами мощей святых (в 1926 году передан в Крестовоздвиженскую церковь), резная глава Иоанна Предтечи
на блюде, а также стоявшие в приделе Димитрия Прилуцкого две иконы мучеников - Вонифатия и Иоанна Воина, перед которыми
ежегодно совершались празднования (19 декабря и 30 июля).
Ансамбль колокольни Богоявленского храма состоял из пяти небольших по весу колоколов. Известна надпись на
благовестнике: "Вылит в бытность церковного старосты Мартьяна Печерова. Лит на заводе ярославского купца Семёна Дмитриевича
Чарышникова. Весом 32 пуда 38 фунтов". Второй колокол разбился и его перелили в 1863 году на средства старосты Мартьяна
Петрова Шмелёва, увеличив вес с 16 до 17 пудов, 35 фунтов. Следует заметить, что этот староста внёс свой весомый вклад в
благоустройство храма: его стараниями были перекрашены и вызолочены вновь иконостасы, а на паперти появилась
фреска - "Явление Бога Аврааму". На пожертвование его преемника, купца Андриана Степановича Коренева, на южной наружной
стене было выполнено живописное клеймо с изображением Богоявления Господня.
Одно из самых значительных событий в истории церкви Богоявления произошло в 1831 году, в ней с 22 по 24 июня
пребывали мощи ярославских святых князей Фёдора, Давида и Константина, перенесённые из Спасо-Преображенского монастыря во
время пожара. Как писал Аполлинарий Крылов, "в эти дни кратковременного пребывания их в сем храме благовест во всех церквах
города начинался с благовеста Богоявленской церкви. 24 числа, пред поздней литургией, в сопровождении преосвященного
Авраама, архиепископа Ярославского, с почётнейшим градским духовенством, при многочисленном стечении народа, святые мощи
торжественно перенесены в обитель, где и поставлены на место их векового покоища".