Первые попытки реставрации бывшего Архиерейского дома были предприняты в 1918-1924 годах после июльского восстания 1918 года, но затем были прекращены.
До конца 1950-х годов на территории находились разные арендаторы, располагались гаражи, организации и мастерские. Вновь о необходимости сохранения памятника и его реставрации власти подняли вопрос в начале 1950-х в связи с
развитием туристической отрасли в области.
Территорию бывшего Архиерейского дома обследовала бригада Ярославского обкома КПСС, которая постановила: «Учитывая, что бывший Спасский монастырь является древнейшим памятником архитектуры, расположен в центре города,
занимает первостепенное место в числе городских строений Ярославля и привлекает многочисленные, как советские, так и зарубежные экскурсии – считать работы по восстановлению бывшего Спасского монастыря первоочередными».
Был разработан Генеральный план реставрационных работ, увеличены ассигнования на реставрацию, которая в основном завершилась к концу 1950-х годов. Согласно Постановлению Совета Министров РСФСР от 1959 года был организован
Ярославо-Ростовский историко-архитектурный и художественный музей-заповедник, в состав которого вошли Спасо-Преображенский монастырь, церковь Ильи Пророка, Иоанна Златоуста, Иоанна Предтечи, Николы Надеина, Рождества Христова и Богоявления.