О возвышении монастыря в XIII-XIV столетиях свидетельствует превращение его в княжескую усыпальницу. Если князья первой династии избирали местом погребения Успенский собор (Василий и Константин) или Петровский монастырь
(князь Михаил, княгини Ксения и Анастасия), то начиная с Фёдора Черного многие представители ярославского княжеского дома и их потомки обрели последнее пристанище в стенах Спасской обители.
В 1463 году произошло событие, определившее существование Спасо-Преображенского монастыря на долгие годы - в подклете
Входоиерусалимской церкви были обретены мощи Ярославских Чудотворцев - Святых Благоверных князей Фёдора,
Давида и Константина. Между 1463 и 1473 годами в Москве по заказу Ивана III и митрополита Филиппа было
написано житие Фёдора Черного, и ярославские чудотворцы вошли в создававшийся в то время пантеон
общерусских святых, одновременно став главной святыней Ярославля.