Коллекции живых растений Ботанического сада ЯГПУ формируются с момента его создания в 1927 году. В настоящее время в коллекциях насчитывается более 1600 видов, подвидов, форм, сортов растений открытого и закрытого грунта.
Растения открытого грунта представлены в различных тематических экспозициях: Дендрарий (заложен в 1950 году), Сирингарий, коллекция Гортензий, Теневой сад, Многолетние и пряно-ароматические растения, розарий,
плодовый сад «МОИМ УЧИТЕЛЯМ».
В Ботаническом саду ЯГПУ сохраняется генофонд 103 видов, имеющих различные категории статуса редкости. В составе коллекций содержится 18 видов из числа занесенных в Красную книгу Российской Федерации.