Первая церковь на этом месте была воздвигнута ещё во времена удельных князей, т.е. Спасская церковь является одной из древнейших в городе. Известно, что до 1658 года здесь стояла деревянная церковь, сгоревшая в большой
городской пожар.
Ныне существующий каменный храм построен на средства ярославского купца Игнатия Кислова в 1672 году. Через двадцать два года, в 1694, на средства другого местного купца, Ивана Кемского, в церкви Спаса на Городу был устроен
ещё один, тёплый, придел.
Главный престол был освящён в 1818 году, в честь Происхождения Честных Древ Животворящего Креста Господня. До этого главный престол каменного храма именовался как Спаса Всемилостивого. Но в повседневной жизни с давних
времён до наших дней и приход, и саму церковь продолжают называть Спасскими.